Jaszczurki odżywiając się głównie owadami, zapobiegają nadmiernemu wzrostowi ich liczebności. Wiele z tych owadów to szkodniki lasów czy upraw. Jaszczurki pełnią więc w przyrodzie podobna rolę jak ptaki czy płazy. Stanowią też pożywienie dla wielu zwierząt - ptaków, ssaków i węży. Zwłaszcza wśród tych ostatnich istnieją gatunki wyspecjalizowane z zjadaniu jaszczurek, niechętnie przyjmujące inny rodzaj pokarmu (np. rodzaj Coronella).
Głównym zagrożeniem dla jaszczurek jest zniszczenie środowisk, w których występują, głównie poprzez przeznaczenie ich pod uprawy lub zabudowę. Szczególnie niebezpieczne jest to w odniesieniu do gatunków endemicznych, zamieszkujących jedynie niewielkie obszary, np. małe wyspy. Chcąc chronić jaszczurki, należy więc przede wszystkim zachować ich siedliska w stanie możliwie niezmienionym. Ochronę jaszczurek i ich zagrożenia należy jednak rozpatrywać oddzielnie dla każdego gatunku. Np. kameleon pospolity w południowo - wschodniej Hiszpanii preferuje tereny bardziej zurbanizowane i rolnicze, mimo, iż w sąsiedztwie są dostępne tereny o naturalnej roślinności. Tym samym bardziej jest narażony (jako bardzo atrakcyjne zwierzę) na wyłapywanie, częściej jest zabijany przez samochody, a jego jaja złożone na polach uprawnych są niszczone podczas orki. Z kolei jednym z zagrożeń jaszczurki Lacerta monticola zamieszkującej góry centralnej Hiszpanii jest zmiana siedlisk spowodowana przez rozjeżdżanie stoków przez narciarzy i budowa towarzyszącej temu sportowi infakstruktury.
Okazuje się, że w niektórych przypadkach to, co dobre dla zachowania różnorodności gatunkowej ptaków nie jest dobre dla jaszczurek. Przykładem są otwarte pastwiska porośnięte z rzadka dębem (Quercus ilex), rzadziej dębem korkowym, nielicznymi krzakami oraz niewielkimi poletkami zbóż, zwane dehaza, a charakterystyczne dla basenu Morza Śródziemniego. Postulowano zachowanie tej tradycyjnej mozaikowej metody wykorzystania ziemi np. w celu ochrony orła cesarskiego (Aquila adalberti), który preferuje takie tereny, uważano także, że jest korzystna dla zachowania różnorodności różnych różnych grup zwierząt. Jednak ostatnie badania wykazały, że wiele gatunków jaszczurek dehazy unika (Podarcis hispanica, Psammodromus algirus, Psammodromus hispanicus, Acanthodactylus erythrurus, Timon lepidus), preferując lasy dębowe z niezbyt bogatym poszytem. Wszystkie gatunki jaszczurek występujące w Polsce, podlegają całkowitej ochronie prawnej.

- Martin J. Lopez P.(2002) - The effect of Mediterranean dehasa management on lizard distribution and conservation. - Biological Conservation 108: 213 - 219.